XBB.1.5 nejrychleji se šířící varianta od první vlny Omicron

Projekce Centra pro kontrolu a přenos nemocí (CDC) odhadují, že prevalence nové varianty SARS-CoV-2 XBB.1.5 explodovala ve Spojených státech a během několika krátkých týdnů vzrostla z pouhých 3 % na více než 40 %. Předpokládá se, že varianta se objevila v New Yorku a vědci tvrdí, že dřívější studie naznačují, že se může účinněji vázat na lidské buňky než předchozí varianty.

Zatímco svět slaví úsvit nového roku a my vstupujeme do čtvrtého roku pandemie, objevil se další obrat v příběhu COVID se vznikem XBB.1.5, nové podvarianty Omicron, která se zdá se rychle šíří po celém světě. Spojené státy. Varianta se zdá být první rekombinantní mutací, která má nějaký relevantní dopad na trajektorii pandemie.

Rekombinant je virus, který je směsí genomů z různých variant. Mohou se objevit, když je člověk infikován dvěma nebo více variantami současně.

„Když se virus zkopíruje, může ‚přepínat šablonu‘ mezi různými genomy, které se pohybují kolem,“ vysvětlila výzkumnice Emma Hodcroft. „Pokud jsou všechny stejné, konečný produkt se neliší! Ale pokud jsou tam současně odlišné linie, můžeme tyto děti ‚chimér‘ – rekombinanty zaznamenat!“

V poslední době se objevilo velké množství rekombinantů SARS-CoV-2, což často vede k hyperbolickým titulkům ohlašujícím hrozbu vzniku kmene „deltakron“. Až do nedávné doby se však žádný rekombinant SARS-CoV-2 nikdy nerozšířil natolik významně, aby vyvolal relevantní infekční vlnu.

První rekombinant, který se vážně objevil, vznikl před několika měsíci a byl nazván XBB. Unikátní varianta je kombinací BJ.1 (aka BA.2.10.1.1) a BM.1.1.1 (aka BA.2.75.3.1.1.1).

XBB byl původně identifikován v Indii v srpnu a Singapur byl první zemí, která zažila vlnu XBB v říjnu. Tato vlna vyvrcholila relativně rychle, aniž by způsobila příliš mnoho problémů systému zdravotní péče v zemi, což naznačuje, že XBB nemusí způsobit příliš mnoho problémů na celém světě a vede mnoho výzkumníků k tomu, aby si vydechli znamení úlevy.

Poslední rok však neprokázal, že žádná varianta SARS-CoV-2 nezůstane stejná příliš dlouho, a jak XBB cestoval po světě, rychle získal nové mutace. Zadejte XBB.1.5, možná první variantu zájmu, která se objevila ze Spojených států.

První hlášený vzorek XBB.1.5 byl vysledován 22. října v New Yorku. O týden později byla varianta detekována na Rhode Islandu a ve státě Washington. Rozptýlené detekce byly poté vysledovány v Indii a Indonésii na začátku listopadu, ale v polovině měsíce si řada evropských zemí novou variantu vybrala.

Až do minulého týdne model sledování variant CDC neodděloval XBB.1.5 od XBB. Ale těsně před přelomem nového roku se objevila její nová prognóza a náhle byla zahrnuta XBB.1.5, která by podle odhadů představovala více než 40 % všech případů ve Spojených státech.

Kvůli pomalému tempu vzorkování genomu využívá CDC modelovací systém nazvaný Nowcast k předpovídání změn variant v reálném čase. Současný model Nowcast odhaduje, že případy XBB.1.5 se v USA za poslední týden zdvojnásobily a na severovýchodě země tvoří více než 75 % všech potvrzených případů.

CDC

Jako vždy je otázkou za milion dolarů, zda XBB.1.5 způsobuje závažnější onemocnění než předchozí varianty Omicron. Eric Topol z Scripps Research Institute řekl, že New York lze považovat za vedoucího XBB.1.5 a region zaznamenal v posledních týdnech znepokojivý nárůst hospitalizací. Podle Topola tento nárůst počtu hospitalizací nemusí být zcela způsoben vzestupem XBB.1.5, ale nová varianta téměř jistě nějakou roli hraje.

„Samozřejmě, že k tomu pravděpodobně přispívají další faktory, jako je slábnutí imunity, vnitřní/prázdninové shromáždění, chladné počasí, nedostatek zmírňování,“ vysvětlil Topol na svém blogu. „Je však pozoruhodné, že míra přijetí do nemocnice Covid v New Yorku je nejvyšší od konce ledna (a také překračuje vlnu Delta z léta 2021, ale s určitou nejednoznačností, jak byly hospitalizace kategorizovány tehdy a nyní).“

Vedle těchto epidemiologických pozorování nová experimentální data od výzkumníka Yunlong Cao naznačují, že klíčová mutace v XBB.1.5 může vysvětlit, jak se tato varianta může účinněji vázat na lidské buňky. Mutace, nazývaná F486P, zvyšuje schopnost viru vázat se na určité receptory na lidských buňkách. Zatímco jiné mutace pomáhají této konkrétní variantě vyhnout se imunitním protilátkám vyvinutým z předchozích infekcí, F486P znamená, že se virus může účinněji dostat do lidských buněk.

Zhruba před rokem Jesse Bloom, výzkumník sledující vývoj virů, označil 486 jako klíčové genomické místo pro budoucí problematické mutace SARS-CoV-2. Současné protilátky vyvolané vakcínou a infekcí specificky spoléhají na toto místo, aby účinně neutralizovaly virus.

Takže většina mutací v místě 486 vede k imunnější vyhýbavé variantě, ale je to evoluce za cenu. Studie spojily dřívějších 486 mutací s méně účinnou vazbou na lidské buněčné receptory. To znamená, že dřívější varianty SARS-CoV-2 obětovaly buněčnou vazbu pro únik protilátek.

Velký rozdíl mezi XBB.1.5 od jeho rodičovských linií (XBB a XBB.1) je v tom, že vyměnila mutaci F486S za F486P, a F486P je jediná mutace 486 míst, která přesahuje to nejlepší z obou světů, protilátka uniká bez obětování účinné afinita k lidskému receptoru.

„Proto se neočekává, že XBB.1.5 bude mít větší únik protilátek než XBB.1 (který již zmutoval F486), ale měl by mít větší afinitu k ACE2,“ Bloom nedávno vysvětlil. „Takže je to větší afinita ACE2 (a možná RBD [receptor binding domain] stabilita), což XBB.1.5 zvyšuje jeho přenositelnost a způsobuje jeho nárůst.“

Yunlong Cao také spekuluje, že jedinečná buněčná vazebná afinita XBB.1.5 by mohla způsobit, že bude v budoucnu náchylnější k vytváření dalších nových mutací. Takže je samozřejmě nepravděpodobné, že XBB.1.5 bude koncem cesty pro varianty SARS-CoV-2.

„Dalším důležitým pozorováním je, že vazebná afinita hACE2 XBB.1.5 je téměř srovnatelná s afinitou BA.2.75, což může XBB.1.5 umožnit získat více mutací, podobně jako měl BA.2.75,“ navrhl Cao na Twitteru. „Jen XBB.1.5 zatím nepocítil velký imunitní tlak.“

Nic z toho neznamená, že XBB.1.5 nutně vyvolá závažnější onemocnění než předchozí varianty, ale znamená to, že XBB.1.5 může být schopen nakazit více lidí snadněji a následně vystopovat ty nejzranitelnější vůči COVID-19 – jmenovitě starší osoby. nedostatečně očkovaných a imunokompromitovaných. XBB.1.5 nás v žádném případě nevrací na začátek, ale rozhodně by to mohlo prodloužit pandemii, zvýšit infekce a znovu vyvinout tlak na systémy zdravotní péče.

Dalším potenciálním problémem XBB.1.5 je jeho dopad na dlouhý COVID. Výzkumník z Yale Akiko Iwasaki poznamenal, že zvýšená buněčná vazebná afinita pro tuto novou variantu by mohla hypoteticky vést k nové vlně dlouhých infekcí COVID kvůli zvýšené schopnosti viru infikovat lidské buňky.

„Mám obavy kvůli domnělé schopnosti XBB.1.5 mít zvýšenou kapacitu infikovat typy buněk, které exprimují ještě nižší hladiny ACE2,“ Iwasaki nedávno tweetoval. „To zvýší tropismus a možná i perzistenci v buněčných typech, které mají dlouhou životnost.“

Vědec zabývající se vakcínami Peter Hotez řekl, že XBB.1.5 vyvolává spoustu nových otázek, na které je třeba odpovědět, ale neměli bychom se bát ani reagovat přehnaně. Poukazuje na nedávno zveřejněnou studii, která ukazuje, že nová bivalentní vakcína COVID je stále účinná proti novějším variantám, jako je XBB. XBB1.5 tedy může mít zvýšenou buněčnou vazebnou afinitu, ale naše vakcíny budou pravděpodobně stále užitečné při snižování závažnosti onemocnění.

Pokud bychom chtěli přidat nový cíl pro aktualizaci vakcíny v roce 2023, ptá se Hotez. To je otázka, kterou si vědci a sledovači variant budou vždy klást s postupem nového roku a SARS-CoV-2 i nadále mění tvar kolem naší obrany.

„Doufal jsem, že rok 2022 bude lepší než rok 2021,“ napsal Hotez na Twitteru. „Možná trochu, ale ne tolik… teď doufám, že rok 2023 dopadne lépe než rok 2022.“